Cuando llegaron los españoles el imperio estaba sumergido en una guerra civil entre dos hijos del fallecido Huayna Cápac ya que su sucesor Ninan Cuyochi también había fallecido. Sin haber un sucesor para el trono, Huáscar y Atahualpa pelearon por el control del imperio. La guerra la ganó Atahualpa y mientras bajaba desde Quito hasta el Cuzco para proclamarse Inca, decidió entrevistarse en Cajamarca con unos hombres de raras ropas que habían llegado desde un lugar desconocido. En Cajamarca Francisco Pizarro atrajo a Atahualpa a una emboscada y lo hizo prisionero; a pesar de que el monarca indígena pagó un crecido rescate en plata y oro, fue llanamente asesinado.
Bartolomé Ruiz echó anclas en la desembocadura de un
"río grande" y fue recibido amistosamente. Según el historiador
González Suárez, Ruiz encontró en las orillas del río tres pueblos cuyos
habitantes estaban engalanados con oro. El piloto continuó su viaje por la
costa, y regresó con Pizarro, Almagro y sus hombres. Desembarcaron en una bahía
en la que fundaron la "DOCTRINARIA" a la que por la fecha de su
arribo la llamaron de San Mateo de las esmeraldas, entonces en 21 de septiembre
de 1526. La recepción por los originarios ya no fue amistosa, por lo que
reembarcaron y Pizarro se quedó aguardando refuerzos en la isla del Gallo. El
año 1531 volvería Pizarro para la definitiva conquista.
La conquista de los Andes septentrionales fue motivada
principalmente por el rumor de que en Quito se encontraba el tesoro de
Atahualpa.2 Se formaron dos expediciones, la de Pedro de Alvarado, desde
Guatemala, y la de Sebastián de Belalcázar procedente del sur. En febrero de
1534 llegó al puerto de Manta la expedición comandada por Pedro de Alvarado. El
grupo estaba integrado por 11 barcos, 450 hombres y algunas mujeres, entre
ellos el sacerdote Fray Jadoco Ricki, aborígenes centroamericanos y se dice que
unos 200 caballos. Alvarado incendió, saqueó el poblado y tomó como prisionero
al jefe de la tribu, Lligua Tohalli y a otros indios, porque no encontró la
Umiña y los tesoros que se decían existían en este lugar. El jefe Lligua
Tohalli fue ahorcado camino a Paján. Se dice que Manta fue fundada el 2 de
marzo de 1534 por Alvarado.
El sector correspondiente al Ecuador fue ocupado en forma
efectiva por Sebastián de Benalcázar, en 1534 fue fundada por Diego de Almagro
la ciudad de San Pedro de Riobamba la primera ciudad fundada en el actual
Ecuador. A Sebastián de Benalcázar se le debe la fundación de San Francisco de
Quito también en 1534. El conquistador Francisco Pacheco bajo las órdenes de
Diego de Almagro, por su parte, fundó San Gregorio de Puerto Viejo en 1535
convirtiéndola a ésta en la primera ciudad asentada en la actual costa
ecuatoriana.
Autorizado por Pizarro remontó el Guayas, y la asentó en un
lugar cercano a la boca del río Yaguachi sobre el río Amay (Babahoyo), y se la
conoció como Santiago de Amay (1535). Asaltada e incendiada por los bravíos
Chonos se mudó a la culata del río con el nombre de Santiago de la Culata
(1536). Nuevamente asolada, esta vez por la alianza de Chonos y Punáes, escapó
a otro lugar y fue reconocida como Santiago de la Nueva Castilla (1537). En
recurrencia trágica se refugió entre los huancavilcas “que eran gente de paz”
(1542), pero nuevamente debieron huir, esta vez a la vera de un pueblo indígena
llamado “Guayaquile” (1543). Temiendo retaliaciones construyeron grandes
balsas, y, encabezados por los capitanes Olmos, Rodrigo Vargas de Guzmán y Toribio
de Castro, 140 personas con su menaje cruzaron el río Amay. Y, el 25 de julio
de 1547, día del apóstol Santiago, patrono de la ciudad, atracaron en Las Peñas
y asentaron la ciudad en la unión cimera de los cerros que hoy se conocen como
Santa Ana y del Carmen. Desde entonces es Santiago de Guayaquil.
La ciudad de Cuenca fue fundada en 1557 sobre las ruinas de
la ciudad Inca de Tomebamba, esto fue llevado a cabo por Don Gil Ramírez
Dávalos, bajo órdenes del Virrey del Perú.
Una expedición, al mando de Francisco de Orellana, descubrió
en 1542 el río Amazonas. Algunos años después tuvo lugar la fundación de la
Presidencia y Real Audiencia de Quito (1563), la cual estuvo subordinada al
Virreinato del Perú (excepto durante el breve período de 1717 a 1723) hasta
1740, fecha en que fue puesta bajo el Virreinato de Nueva Granada. El antiguo
Gobierno de Quito de Gonzalo Pizarro, había ensanchado ya su territorio, hasta
Cali y Popayán por el Norte; por el Sur hasta los desiertos de Piura; y por la
cuenca del río Amazonas, la exploración de Gonzalo Pizarro, el descubrimiento y
exploración del río Amazonas hasta el Atlántico por Francisco de Orellana, y
las fundaciones en Yaguarzongo y Bracamoros, como los descubrimientos del alto
río Marañón y al río Ucayali por Juan de Salinas y Loyola, dieron al antiguo
Gobierno de Quito una extensión nueva en la cuenca del río Amazonas. Por estas
razones, el 4 de julio de 1560 los quiteños pidieron al rey de España la
creación de una Audiencia en la Gobernación de Quito.
El rey Felipe II, en la ciudad de Guadalajara el 29 de
agosto de 1563, dictó una Real Cédula por el cual la Gobernación de Quito de
Gonzalo Pizarro es elevada a una Audiencia Real y se le señala límites. Fue
inaugurada el 18 de septiembre de 1564
La Recopilación de Leyes de Indias de 1680, en Ley X
(Audiencia y Chancilleria Real de San Francisco del Quito) del Título XV (De
las Audiencias y Chancillerias Reales de las Indias)del Libro II, recoge los
límites y los funcionarios de esta Audiencia, provenientes de la Real Cédula de
1563:3
En la Ciudad de San Francisco del Quito, en el Perú, resida
otra nuestra Audiencia y Chancilleria Real, con un Presidente: quatro Oidores,
que también sean Alcaldes de el Crimen: vn Fiscal: vn Alguazil mayor: vn
Teniente de Gran Chanciller, y los demás Ministros y Oficiales necesarios: y
tenga por distrito la Provincia de Quito, y por la Costa ázia la parte de la
Ciudad de los Reyes, hasta el Puerto de Payta, exclusivé: y por la tierra
adentro, hasta Piura, Caxamarca, Chachapoyas, Moyobamba y Motilones, exclusivé,
incluyendo ázia la parte susodicha los Pueblos de Jaen, Valladolid, Loja,
Zamora, Cuenca, la Zarça y Guayaquil, con todos los demás Pueblos, que
estuvieren en sus comarcas, y se poblaren: y ázia la parte de los Pueblos de la
Canela y Quixos, tenga los dichos Pueblos, con los demás, que se descubrieren:
y por la Costa, ázia Panamá, hasta el Puerto de la Buenaventura, inclusivé: y
la tierra adentro á Pasto, Popayan, Cali, Buga, Chapanchica y Guarchicona:
porque los demás lugares de la Governacion de Popayan, son de la Audiencia del
Nuevo Reyno de Granada, con la qual, y con la Tierrafirme parte terminos por el
Septentrion: y con la de los Reyes por el Mediodia, teniendo al Poniente la Mar
del Sur, y al Levante Provincias aún no pacificas, ni descubiertas.
El Virrey Pedro Mesía de la Cerda otorgó el título de
Presidente interino de Quito con fecha de 17 de mayo de 1766 a Juan Antonio
Zelaya y Vergara, que durante este período ejerció sus responsabilidades en
calidad de Duque de Quito como comandante general militar y político de dicha
provincia
Enriquecida por la explotación minera y la producción
textil, pudo construir templos barrocos y neomudéjares adaptados con
originalidad al ambiente local y los ornamentó con gran profusión de pinturas y
tallas, de innegable valor didáctico religioso. Fue la época de la afamada
Escuela Quiteña, obra del mestizaje indio y español.
Los geodésicos franceses del sistema decimal introdujeron en
Quito el espíritu racionalista moderno y usaron la magnífica biblioteca de la
Universidad Jesuita de San Gregorio. Quito alimentó la extraordinaria empresa
de las misiones de Jaén y Mainas.
El sistema colonial impuesto por el rey de España originó
tensiones que se tradujeron en disturbios contra los impuestos, o contra
ciertos obstáculos comerciales (alcabalas: 1592-93; estancos: 1765).
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